Nämä nimet ovat innoittaneet monet pohtimaan niiden alkuperää. Jo 1700-luvulla mm Gregorius Hallenius pohti asiaa maisterinväitöskirjassaan. Nimiproblematiikkaa selvitellään myös Perälän kirjoittamassa Mynämäen historiassa. Seuraava esitys pohjautuu kuitenkin Suomalaiseen paikannimikirjaan vuodelta 2007.

 Mynämäki –nimen iästä ja käytöstä on vaikea saada selkoa, koska asiakirjoissa käytetään ruotsinkielistä Virmo-nimeä niin kauan kuin asiakirjat laadittiin ruotsiksi. Suomenkielisestä on kuitenkin olemassa yksittäinen asiakirjamaininta Mynemedh (härad) vuodelta1567.

Pitäjännimeä vanhemmalta vaikuttaa pitäjän halkivirtaavan joen nimi Mynäjoki, joka juontunee joen lähtökohdan, Mynäjärven nimestä.

Mynämäen vanhoja kansankielisiä muotoja ovat Mynämä ja Minämä. Ne osoittavat, että nimen alkuperäisasu on ollut Mynämä. Lopun mäki on syntynyt muodoltaan oudon nimen selvennykseksi. Samanlainen kehitys on esimerkiksi sanoissa Längelmäki ja Pieksämäki. Mynämäen mynä-alkuiset nimet ovat ainutkertaisia Suomen nimistössä. Niiden alkuperä on täysin hämärtynyt.

 Virmo on edelleenkin Mynämäen ruotsinkielinen nimi. Asiakirjoissa nimen kirjoitusasu vaihtelee: Gunno de Virmu 1309, de Wirmo 1352, Wirmaa 1375. Vanhimmat kirjoitusasut osoittavat, että kyseessä ei ole suomalaisperäinen maa-loppuinen nimi, kuten monet muut mo-loppuiset ruotsinkieliset nimet. Esimerkiksi Vehmaa – Vemo. Lars Hulden on esittänyt nimen perustuvan henkilönimeen esim. Värmund, Vidmund tai Vigmund. On myös esitetty Mynäjoen vanhaksi nimeksi Virmasjoki (virma = nopea). Nimeä on kuitenkin pidettävä edelleen selvittämättömänä.